Trước năm 1975, mảnh đất thuộc Công viên Văn hóa Đầm Sen hiện nay là một khu đầm lầy hoang hoá.

Trong các năm 1976-1978, theo lời kêu gọi của Thành ủy, UBND Thành phố Hồ Chí Minh, hàng chục ngàn lao động từ khắp các quận, huyện trong thành phố được huy động đến để nạo vét, trồng cây ở khu vực này.

Năm 1983, công trình bước đầu đưa vào sử dụng khoảng 30 ha vừa mặt nước, vừa thảm xanh. Thành phố giao cho Quận 11 quản lý. UBND Quận 11 giao cho 3 đơn vị: Công ty Ăn uống Q.11, Công ty Văn hóa tổng hợp và Xí nghiệp nuôi trồng thủy sản khai thác.

Năm 1989, công trình được giao cho Công ty Dịch vụ Du lịch Phú Thọ - đơn vị vừa mới tách ra từ Công ty Ăn uống Q.11 - quản lý và đầu tư cho đến nay.